工業區內工廠種類多元複雜且集中，排放水量大、水質不容易掌握，在水污染管制上非常重要。依據下水道法第8條規定：「政府機關或公營事業機構，新開發社區、工業區之專用下水道，由各該機關或機構建設、管理之」。本部制定的水污染防治法，是管制下水道法規定且設有聯合污水處理廠的工業區，除要求放流水水質要達到本部設定的標準外，也要求這些工業區都要提出排放許可證，並審查廢水處理單元操作參數有沒有異常，避免沒有發揮處理廠的功能。

我國水污染防治法管制工業區名單，統計至110年計有77處，其中46處屬於經濟部管理（其中42處屬工業局，4處屬加工出口區）、11處屬於行政院科技部管理、11處屬於地方政府管理、8處屬於民間單位管理、1處屬於行政院農委會管理。

本部為維護水體水質，依據工業區特性，分別訂有石油化學專業區、石油化學專業區以外之工業區與科學工業園區的放流水標準，工業區污水處理廠的放流水，要符合放流水標準後，才可以排放到地面水體，假如未符合放流水標準，且經環保單位判斷是故意排放的話，現在最高可處分到新臺幣2,000萬元喔，這樣的管制設計，就是希望利用高額度的罰款，促使工業區污水處理廠平常就依正常程序進行操作，不要私底下排放未經處理或排放未達放流水標準的廢水來傷害環境。

我國工業區廢水處理流程如圖1，目前被管制的工業區均設有聯合污水處理廠，負責收集位於工業區內之納管工廠所產生的廢水並予以統一處理。首先，工業區服務中心會先檢視區內各工廠的廢水特性，然後訂不同納入污水處理廠之水質標準，如果發現工廠可能會有重金屬，那就會訂重金屬的管制，不然到了污水處理廠，才發現污水處理廠沒辦法處理，那時候可能就沒辦法挽救了。工廠要先自行第一次處理至前述水質標準後，再送至污水處理廠進行再處理，這種方式主要就是希望排放水質可以達到本部所定的放流水標準，減少對下游水體的污染。

當然，除了工業區服務中心要善盡管理工業區的工作外，本部水污染防治法也訂有管制工業區的法規，同時每年也訂有工業區水污染防治管理計畫，指導地方環保局辦理，共同確保工業區聯合污水處理廠的排放水質。說明如下：

加強服務中心扮演角色：水污染防治措施及檢測申報管理辦法定有「工業區集污管理章」，就是指定工業區服務中心應辦理的事項，如定期巡查檢修工業區內排放廢（污）水之溝渠或管線，查核區內事業用水量與廢（污）水是否合理平衡，定期採樣檢測區內事業納管水質，每月分析檢討水量與水質變化，評估聯合污水處理廠收集及處理能力等。

落實污染總量削減管理：為避免工業區放流水所排放之重金屬物質排放總量逐年上升，致影響承受水體水質，本部於水污染防治措施及檢測申報管理辦法規定，如排放重金屬總量有連續5年逐年增加情形，要提報污染總量削減管理計畫，加強工業區聯合污水處理廠之管理工作。

水污染防治管理計畫執行成果：本部每年訂定之工業區水污染防治管理計畫，107年度完成稽查區內事業3,632廠次，處分231廠次、工業區聯合污水處理廠稽查1,823廠次，處分32廠次；108年度完成稽查區內事業3,785廠次，處分160廠次、工業區聯合污水處理廠稽查1,953廠次，處分29廠次；109年度完成稽查區內事業3,953廠次，處分162廠次、工業區聯合污水處理廠稽查2,083廠次，處分43廠次; 110年度完成稽查區內事業3,243廠次，處分146廠次、工業區聯合污水處理廠稽查2,106廠次，處分36廠次。