非都市土地使用分區編定公告後，其土地之使用係按其所屬使用分區之類別為不同性質及強度之管制，並以各宗土地之使用地類別作為管制之依據，其管制之基本內涵如下：

容許使用：非都市土地經劃定使用分區並編定使用地類別，應依其容許使用之項目及許可使用細目使用。各種使用地容許使用之項目、許可使用細目及其附帶條件如非都市土地使用管制規則附表一規定。

臨時使用：中央目的事業主管機關認定為重大建設計畫所需之臨時性設施，徵得使用地之中央主管機關及有關機關同意後，得核准為臨時使用。

土地使用強度：非都市土地使用管制規則第9條規定，甲種建築用地、乙種建築用地、丙種建築用地、丁種建築用地、窯業用地、交通用地、遊憩用地、墳墓用地及特定目的事業用地等九種使用地之建蔽率及容積率之上限，但縣市政府得報內政部備查視實際需要酌予調降。

變更編定：申請人依非都市土地使用管制規則申請土地使用分區或使用地類別變更，經核准變更使用分區或使用地類別。

土地使用之檢查：非都市土地使用之檢查，由當地鄉（鎮、市、區）公所隨時檢查是否依編定使用。依目的事業主管機關核定計畫編定、變更編定或同意使用者，目的事業主管機關應檢查是否依原核定計畫使用。
其有違反編定使用或未按計畫使用者，鄉（鎮、市、區）公所應即報請直轄市或縣（市）政府處理，或由目的事業主管機關會同有關機關處理。
縣（市）政府對違反使用之處理，除應成立聯合取締小組定期查處外，其內部分工依非都市土地使用管制規則第55條規定，違反本規則規定同時違反其他特別法令規定者，由各該法令主管機關會同地政機關處理。

違反土地使用管制：違反區域計畫法第15條第1項之管制使用土地者，由該管直轄市、縣（市）政府處新臺幣6萬元以上30萬元以下罰鍰，並得限期令其變更使用、停止使用或拆除地上物恢復原狀。經限期變更使用等而不遵從者，得採「按次處罰」，並停止供水、供電、封閉、強制拆除或採取其他恢復原狀之措施。