農地工廠合法化後，爭議並未平息，國土計畫成為各方寄望的工具，重整台灣農地使用的秩序。但是縣市推動國土計畫，究竟是增加保護或加速開發？成為值得關心的課題。

2019年6月，立法院三讀通過《工廠管理輔導法》修正案，納管農地工廠，針對2016年5月20日以前興建的農地工廠，採取中高污染輔導遷廠，低污染提出改善計畫，進入特定工廠登記程序，並限定20年落日條款。但是2016年5月20日以後新建的農地工廠，必須限時拆除。

農委會透過內政部國土監測系統比對，發現2016年5月20日後，全台農地新增了286棟新建物，疑似非法工廠。後續執行第一波拆除17間，但是速度緩慢，甚至有業者看情勢大好，開始整理農地，打算建新的工廠。

來到彰化鹿港，遍布的農地工廠，不少是2016年以後興建，經過環保團體多次檢舉，不只沒有拆除，而且已近完工。

除了建工廠，還有污染危害。彰化洪先生的一塊農地旁，填埋多種有害廢棄物，他委託環保團體出面協助，代為發聲。環保團體批評，台灣許多農地，被填埋有害廢棄物或遭到重金屬污染，無法耕種，政府處理態度緩慢消極。

彰化縣政府前，來自鹿港富麗大鎮的居民，前來抗議打鐵厝產業園區開發，因為政府要在他們住宅區前後，開發台糖農地，打造北側10公頃、南側5公頃的產業園區，形成前後包夾住宅區的奇特現象。

地球公民基金會專員吳其融指出，國土計畫實施後，各縣市政府透過劃設產業區、商業區，不斷開發農地。原本是保護農地的國土計畫，在失去管制下，卻成為開發工具。

彰化縣政府表示，打鐵厝產業園區有高達40％的公共設施，服務地方居民，只有30％是產業用地，並且將引入低污染工業。縣政府強調，依照國土計畫的分區規劃，未來將會劃為城鄉發展區。

彰化縣大村鄉農地，計畫開發268公頃產業園區，土地也將劃為城鄉發展區，計畫引進交通、數據、生物產業，並提升製造業升級，提供未登記工廠進駐。鄉公所舉辦說明會，邀請農地地主發言。希望保護農地的團體，在會場旁舉牌抗議。

大村鄉以生產葡萄聞名，鄰近山區一邊，有大面積農地，土地相當完整，農地工廠不多，生態也相當豐富。農地上，郭俊銀打造了一座雙心池塘，吸引許多遊客前來拍照，欣賞田園美景。郭俊銀過去推動地方社區發展工作，在大村農地旁的山坡上，建立一座花樹銀行，種下許多樹木，希望打造一個有農地、有森林的社區。農地可能被開發，他感到相當不捨，祖先留下的優良農地，就要斷送在這一代。

根據環保團體統計，國土計畫通過後，各縣市政府大肆開發工業區，粗估可能減少約8.7萬多公頃農地。如果不加管制，未來將再消失10萬公頃，嚴重低於政府宣示保留75萬公頃農地。

台灣農地不斷被消耗，過去違法的農地工廠，卻走向合法化，地方縣市透過國土計畫，新的產業區又不斷被劃設，農地面臨嚴重流失，影響的不只是糧食安全，更是重創農地生態。